新型冠状病毒感染的肺炎实验室检测技术指南 (第二版)

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【来源】http://www.chinacdc.cn/jkzt/crb/xcrxjb/202001/t20200123_211378.html
【发布时期】1月23日

为指导各级疾控部门和其他相关机构开展新型冠状病毒感染的肺炎实验室检测工作,特制定本技术指南。 本指南主要介绍目前已经比较成熟、易于实施的核酸检测方法

一、标本采集

(一)采集对象。新型冠状病毒感染的肺炎疑似病例、疑似聚集性病例患者,其他需要进行新型冠状病毒感染诊断或鉴别诊断者,或其他需要进一步筛查检测的环境或生物材料(如溯源分析)。

(二)标本采集要求。

1.从事新型冠状病毒检测标本采集的技术人员应经过生物安全培训(培训合格)和具备相应的实验技能。 采样人员专业防护装备(personal protective equipment,PPE)要求:N95口罩、护目镜、防护服、乳胶手套、防水靴套;如果接触患者血液、体液、分泌物或排泄物时,戴双层乳胶手套。

2.住院病例的标本由所在医院医护人员在当地疾控机构专业人员指导下采集。

3.密切接触者标本由当地疾控机构负责采集。

4.根据实验室检测工作的需要,可结合病程多次采样。

(三)标本采集种类。每个病例必须采集急性期呼吸道标本和急性期血液标本;重症病例优先采集下呼吸道标本(如支气管或肺泡灌洗液等),可根据临床表现与采样时间间隔进行采集。

其他研究材料依据设计需求采集。

标本种类:

1.上呼吸道标本:包括咽拭子、鼻拭子、鼻咽抽取物。

2.下呼吸道标本:包括深咳痰液、呼吸道抽取物、支气管灌洗液、肺泡灌洗液、肺组织活检标本。

3.血液标本:尽量釆集发病后7天内的急性期抗凝血。 采集量5ml,以空腹血为佳,建议使用含有抗凝剂的真空釆血管采集血液。

4.血清标本:尽量釆集急性期、恢复期双份血清。 第一份血清应尽早(最好在发病后7天内)釆集,第二份血清应在发病后第3~4周釆集。 采集量5ml,以空腹血为佳,建议使用真空釆血管。

(四)标本采集方法。

1.咽拭子:用2根聚丙烯纤维头的塑料杆拭子同时擦拭双侧咽扁桃体及咽后壁,将拭子头浸入含3ml采样液的管中,尾部弃去,旋紧管盖。

2.鼻拭子:将1根聚丙烯纤维头的塑料杆拭子轻轻插入鼻道内鼻腭处,停留片刻后缓慢转动退出。 取另一根聚丙烯纤维头的塑料杆拭子以同样的方法采集另一侧鼻孔。 上述两根拭子浸入同一含3ml采样液的管中,尾部弃去,旋紧管盖。

3.鼻咽抽取物或呼吸道抽取物:用与负压泵相连的收集器从鼻咽部抽取粘液或从气管抽取呼吸道分泌物。 将收集器头部插入鼻腔或气管,接通负压,旋转收集器头部并缓慢退出,收集抽取的粘液,并用3ml采样液冲洗收集器1次(亦可用小儿导尿管接在50ml注射器上来替代收集器)。

4.深咳痰液:要求病人深咳后,将咳出的痰液收集于含3ml采样液的50ml螺口塑料管中。

5.支气管灌洗液:将收集器头部从鼻孔或气管插口处插入气管(约750px深处),注入5ml生理盐水,接通负压,旋转收集器头部并缓慢退出。 收集抽取的粘液,并用采样液冲洗收集器1次(亦可用小儿导尿管接在50ml注射器上来替代收集)。

6.肺泡灌洗液:局部麻醉后将纤维支气管镜通过口或鼻经过咽部插入右肺中叶或左肺舌段的支管,将其顶端契入支气管分支开口,经气管活检孔缓缓加入灭菌生理盐水,每次30~50 ml,总量100~250 ml,不应超过300 ml。

7.血液标本:建议使用含有抗凝剂的真空釆血管采集血液标本5ml,室温静置30分钟,1500~2000rpm离心10分钟,分别收集血浆和血液中细胞于无菌螺口塑料管中。

8.血清标本:用真空负压采血管采集血液标本5ml,室温静置30分钟,1500~2000rpm离心10分钟,收集血清于无菌螺口塑料管中。

9.其他材料:依据设计需求规范采集。

(五)标本包装。标本采集后在生物安全二级实验室生物安全柜内分装。

1.所有标本应放在大小适合的带螺旋盖内有垫圈、耐冷冻的样本采集管里,拧紧。 容器外注明样本编号、种类、姓名及采样日期。

2.将密闭后的标本放入大小合适的塑料袋内密封,每袋装一份标本。

(六)标本保存。用于病毒分离和核酸检测的标本应尽快进行检测,能在24小时内检测的标本可置于4℃保存;24小时内无法检测的标本则应置于-70℃或以下保存(如无-70℃保存条件,则于-20℃冰箱暂存)。 血清可在4℃存放3天,-20℃以下可长期保存。 应设立专库或专柜单独保存标本。 标本运送期间应避免反复冻融。

(七)标本送检。标本采集后应尽快送往实验室,如果需要长途运输标本,建议采用干冰等制冷方式进行保藏。

1.上送标本:各省(自治区、直辖市)首例检测结果阳性、疑似聚集性病例及聚集性病例的标本,上送中国疾病预防控制中心病毒病预防控制所进行检测复核,并附样本送检表(见附件)。

2.病原体及标本运输

2.1 国内运输

新型冠状病毒毒株或其他潜在感染性生物材料的运输包装分类属于A类,对应的联合国编号为UN2814,包装符合国际民航组织文件Doc9284《危险品航空安全运输技术细则》的PI602分类包装要求;环境样本属于B类,对应的联合国编号为UN3373,包装符合国际民航组织文件Doc9284《危险品航空安全运输技术细则》的PI650分类包装要求;通过其他交通工具运输的可参照以上标准包装。

新型冠状病毒毒株或其他潜在感染性材料运输应按照《可感染人类的高致病性病原微生物菌(毒)种或样本运输管理规定》(原卫生部令第45号)办理《准运证书》。

2.2 国际运输

新型冠状病毒毒株或样本在国际间运输的,应规范包装,按照《出入境特殊物品卫生检疫管理规定》办理相关手续,并满足相关国家和国际相关要求。

二、新型冠状病毒的实验室检测

新型冠状病毒感染的常规检测方法是通过实时荧光RT-PCR鉴定。 任何新型冠状病毒的检测都必须在具备适当条件的实验室由经过相关技术安全培训的人员进行操作。 本指南中的核酸检测方法主要针对新型冠状病毒基因组中开放读码框1a/b(open reading frame 1ab,ORF1ab)和核壳蛋白(nucleocapsid protein,N)。

在实验室要确认一个病例为阳性,满足以下条件:

同一份标本中新型冠状病毒2个靶标(ORF1ab、N)特异性实时荧光RT-PCR检测结果均为阳性。

阴性结果也不能排除新型冠状病毒感染,需要排除可能产生假阴性的因素,包括:样本质量差,比如口咽等部位的呼吸道样本;样本收集的过早或过晚;没有正确的保存、运输和处理样本;技术本身存在的原因,如病毒变异、PCR抑制等。

三、实时荧光RT-PCR方法检测新型冠状病毒核酸

(一)目的。规范实时荧光RT-PCR方法检测新型冠状病毒核酸的工作程序,保证实验结果的正确可靠。

(二)范围。适用于实时荧光RT-PCR方法检测新型冠状病毒核酸。

(三)职责。

检测人员:负责按照本检测细则对被检样本进行检测。

复核人员:负责对检测操作是否规范以及检测结果是否准确进行复核。

部门负责人:负责对科室综合管理和检测报告的审核。

(四)样本接收和准备。核对被检样本姓名、性别、年龄、编号及检测项目等;待检样本的状态如有异常,需注明;待检样本应存放于-70℃冰箱保存。

(五)检测项目。

1.新型冠状病毒核酸测定(实时荧光RT-PCR方法)

推荐选用针对新型冠状病毒的ORF1ab、N基因区域的引物和探针。

靶标一(ORF1ab):

正向引物(F):CCCTGTGGGTTTTACACTTAA

反向引物(R):ACGATTGTGCATCAGCTGA

荧光探针(P):5′-FAM-CCGTCTGCGGTATGTGGAAAGGTTATGG-BHQ1-3′

靶标二(N):

正向引物(F):GGGGAACTTCTCCTGCTAGAAT

反向引物(R):CAGACATTTTGCTCTCAAGCTG

荧光探针(P):5′-FAM-TTGCTGCTGCTTGACAGATT-TAMRA-3′

核酸提取和实时荧光RT-PCR反应体系参考相关厂家试剂盒说明。

2.结果判断

阴性:无Ct值或Ct值>40。

阳性:Ct值<37,可报告为阳性。

可疑:Ct值在37-40之间,建议重复实验,若Ct值<40,扩增曲线有明显起峰,该样本判断为阳性,否则为阴性。

四、病原生物安全实验活动要求

根据目前掌握的新型冠状病毒的生物学性状、传播特性、致病性、临床资料等信息,考虑到新型冠状病毒感染聚集性发病且有重症病例,并有死亡病例的特点,实验活动暂按照病原微生物危害程度分类中第二类病原微生物进行管理,具体要求如下:

(一)病毒培养。指病毒的分离、培养、滴定、中和试验、活病毒及其蛋白纯化、病毒冻干以及产生活病毒的重组试验等操作。 利用活病毒或其感染细胞(或细胞提取物),不经灭活进行的生化分析、血清学检测、免疫学检测等操作视同病毒培养,上述操作应在具有开展相应活动资质的生物安全三级(Biological Safety Level 3,BSL-3)实验室进行。 使用病毒培养物提取核酸时,裂解剂或灭活剂的加入必须在与病毒培养同等级别实验室和防护条件下进行,可靠方法灭活后的病毒培养物,可在BSL-2或BSL-1级实验室操作。

(二)动物感染实验。指以活病毒感染动物的实验。 应在具有开展相应活动资质的动物(animal)BSL-3(ABSL-3)实验室进行操作。

(三)未经培养的感染性材料的操作。未经培养的感染性材料在采用可靠的方法灭活前进行的病毒抗原检测、血清学检测、核酸检测、生化分析等操作,应在生物安全二级实验室操作,但个人防护装备参照生物安全三级实验室的防护要求。 未经可靠灭活或固定的人和动物组织标本因含病毒量较高,其操作的防护级别应比照病毒培养。

(四)灭活材料的操作。感染性材料或活病毒在采用可靠的方法灭活后可在BSL-1实验室操作。

(五)无感染性材料的操作。指针对确认无感染性的材料的各种操作,包括但不限于无感染性的病毒DNA或cDNA操作,应在BSL-1实验室进行。

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